Уголовное дело в отношении Ерлана Койшибаева, связанное с предполагаемыми финансовыми нарушениями в структурах КТЖ, дважды прекращено — в 2019 и 2023 годах. Следствие рассматривало эпизоды с заниженными тарифами, арендой и продажей вагонов, однако пришло к выводу об отсутствии состава преступления и признало отношения сторон гражданско-правовыми.